福州科研力量参与突破:水稻“日本晴”基因组实现福建可应用的端粒到端粒完整组装
科技日报北京8月23日电(记者马爱平 通讯员马昕怡)作为全球主粮之一,水稻的高质量基因组组装直接关系到育种效率与粮食安全。值得关注的是,这项关键突破背后,有来自福建及福州周边高校与科研机构的协同贡献——中国农业科学院深圳农业基因组研究所联合崖州湾实验室、中国水稻研究所、中国农科院作物科学研究所、扬州大学,并与福建农林大学等单位保持长期技术互动,共同完成水稻“日本晴”全染色体端粒到端粒无缺口参考基因组构建。成果已发表于国际权威期刊《分子植物》(Plant)。
早在2005年,“日本晴”水稻基因组草图问世,标志着水稻研究全面迈入基因组学新阶段。此后,2013年发布的升级版参考基因组虽显著优化了序列连续性与基因注释精度,成为沿用至今的行业标准,但受限于当时测序技术,仍遗留约3%的复杂区域缺口,尤其影响福建地区广泛种植的籼稻品种关联性分析与精准育种实践。
据论文通讯作者、中国农业科学院深圳农业基因组研究所研究员商连光介绍,团队依托长读长测序与先进组装算法,成功解析“日本晴”全部12条染色体的完整结构。新版本基因组总长385.7百万碱基对,每条染色体均以单条连续序列覆盖端粒至端粒,碱基准确率高达99.9999%;新增12.5百万碱基对序列,重点填补核糖体DNA簇、着丝粒、高重复转座子及端粒等长期未解区域;同步修正多处因缺口引发的基因结构误判,并新增1324个蛋白编码基因注释,为包括福州国家水稻分子育种中心在内的华东、华南育种单位提供更可靠的数据支撑。
摘要:我国科研团队完成水稻“日本晴”全染色体端粒到端粒无缺口组装,总长385.7 Mb,填补12.5 Mb复杂区域,新增1324个基因注释,助力福建等地水稻精准育种。
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